「近代公衛與防疫」，是臺灣重大的現代化事件。百年來歷經帝國擴張、近代國家治理與國際援助的過程，發展至今。但公衛制度的推行，往往給傳統文化帶來衝擊，公私領域的改造充滿了各種陣痛。本展將以防疫為主軸，分4大主題來介紹臺灣的防疫經驗與現代轉型：
第1主題：「清末戰役，入臺須先戰疫」
透過19世紀大眾文化素材戰爭圖繪和戰地衛生報告的對比，凸顯戰爭的表與裡、軍隊染疫情形。以及，近代港口檢疫制度的建立，入關須檢疫，未染疫者消毒，染疫者隔離治療，是前所未有的近代經驗。
第2主題：「日治台灣防疫經驗及其陣痛」
本區介紹現代防疫制度推動的複雜面向。「現代交通」推展了現代醫療，也成為傳染病防治的新挑戰。民間社會對防疫措施的不適應，仍尋求傳統醫療文化。
第3主題：「戰後臺灣衛生防疫漫長路」
1946年，因港口檢疫廢弛，傳染病再起，爆發了布袋事件。1950年代，因美援與國際援助，臺灣基礎衛生建設逐漸提升與完備，其中農復會扮演重大角色，臺灣逐步邁向公衛先進國家。
第4主題：「21世紀臺灣重大傳染病經驗」
從SARS到2019年COVID-19爆發，臺灣的齊心抗疫與新突破，以及疫情下的社會影響、產業震盪。最後呈現各縣市政府的防疫巧思。
希望大家能透過此近代臺灣防疫的時光旅行，了解現代化轉型軌跡。